อุโบสถวัดป่าสิริวัฒนวิสุทธิ์ ในพระองค์ ฯ เป็นมณฑปเรือนแก้วสีชา ตามแบบสถาปัตยกรรมประยุกต์ไทยอินเดีย ซึ่งแตกต่างจากอุโบสถวัดอื่นๆ เพราะโดยทั่วไปอุโบสถมักจะเป็นอาคารปูนก่ออิฐตามแบบสถาปัตยกรรมไทยโบราณ วัสดุเรือนแก้วนี้ แฝงไว้ด้วยปริศนาธรรม สื่อถึงความสำคัญของการดำรงไว้ซึ่งความโปร่งใส และจิตวิญญาณที่บริสุทธิ์ในการบำเพ็ญคุณประโยชน์ มณฑปเรือนแก้วสร้างขึ้นเมื่อปี ๒๕๒๙ เพื่อเป็นธุดงค์เจดีย์สำหรับประดิษฐานพระพุทธบาททั้งคู่ ประดับด้วยมงคล ๑o๘ ประการ เมื่อวัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาใน วันที่ ๒๒ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๔๘ มณฑปเรือนแก้วนี้จึงประยุกต์ให้เป็นอุโบสถต่อมา ภายในอุโบสถประดิษฐานปูชนียวัตถุสำคัญ ๓ ประการ